Nachdem man Anno 1404 gestartet hat, werden Videos abgespielt, die man mit Betätigen der Escape-Taste (Esc) abbrechen kann. Danach erscheint gleich der Auswahlbildschirm zum Spielstart ->

Hier können Endlosspiele mit unterschiedlichem Schwierigkeitsgrad angewählt werden. Wählt man eine Endlos-Variante an, zum Beispiel hier im Bild rechts das leichte Endlosspiel, kann man dieses Spiel mit den voreingestellten Parametern mit Klick auf den Button "Spiel starten" beginnen, oder mit Klick auf "Einstellungen anpassen" die vorgegebenen Parameter - wie nachfolgend aufgeführt - verändern.

Im Kampagnenmenü kann - genauso wie bei den Szenarien und Endlosspielen - der Schwierigkeitsgrad in drei Stufen eingestellt werden. Anders als im hier gezeigten Screenshot wird beim ersten Spielen der Kampagne nur das erste Spiel zum Start angeboten. Mit jedem erfolgreichen Abschluss eines Spiels wird erst das nächste Level frei geschaltet.

Im Szenarienmenü hat der Spieler die Wahl zwischen jeweils zwei Szenarien mit leichtem, mittlerem und hohem Schwierigkeitsgrad. Die Unterschiede bei diesen Szenarien sind im Detail im Artikel Szenario erklärt.